wa2n aquaculture
jaya lah perikanan indonesia saya akan selalu memajukan perikanan indonesia yang berkelanjutan dan lestari
wawan

wa2n
Minggu, 18 Januari 2015
Rabu, 04 Januari 2012
APA ITU PENERAPAN SELEKSI GENETIK FAMILI F3 DAN BAGAIMANA MANFAATNYA UNTUK IKAN NILA HITAM
PENERAPAN SELEKSI GENETIK FAMILI F3 PADA IKAN NILA HITAM (Oreochromis niloticus)
APA TOH persilangan genetic family F3 pada ikan nila>>>>>>>>>>>>>>>>>>????? Dan APAKAH gunanya persilangan F3 itu…………………………..?????
Seleksi famili adalah salah satu cara yang efektif untuk memperbaiki mutu induk ikan nila. Ikan nila secara biologis memiliki hereditas yang rendah dibandingkan dengan ikan tawar lainnya (Charo-Karisa, et al 2006a). Istilah Famili artinya adalah keluarga yang dibuat oleh pemulia. Metode seleksi famili dapat menghasilkan strain baru dengan menggunakan sumber gentik ikan nila yang ada di dalam negeri. Mutu genetik generasi F3 yang diperoleh menghasilkan Heretabilitas yang sedikit lebih rendah dibandingkan perolehan pada F2. Dengan seleksi inbreeding yang terus menerus selama beberapa generasi akan dihasilkan famili yang memiliki tingkat kemurnian lebih tinggi dengan karakter keunggulannya dan membentuk populasi induk sebagai induk penjenis. Sedangkan induk pokok dihasilkan dari hasil blending populasi famili yang memiliki keragaman genetik yang tinggi. Nah pada dasarnya seleksi genetic F3 itu bertujuan untuk memperbaiki mutu ikan tersebut di karenakan pada genetic family pertama (F1) sudah tidak keba lagi terhadap virus maka di lakukan persilangan genetic ikan lagi agar memperoleh hasil yang unggul. Untuk meningkatkan kemurniannya, maka proses seleksi perlu dilanjutkan untuk menghasilkan generasi F4. Bila pada F4 dapat menghasilkan famili dengan hereditas yang lebih tinggi dan respon seleksi yang lebih besar, maka generasi F4 ini dapat digunakan sebagai induk penjenis untuk menghasilkan induk pokok.
NAH HHH………./?? DI sini setiap genetic dapat di silangkan dan dapat di kembangankan lagi sesuai dengan kebuhtuan …………??? Para member belum PUAS ni tentang pemaparan di atas lebih lanjut silahkan klik di bawah ini.>>???? Selamat menikmati
KLIK INI YA MEMBER UNTUK MELIHAT LEBIH LANJUT
KLIK INI YA MEMBER UNTUK MELIHAT LEBIH LANJUT
Sabtu, 31 Desember 2011
perana BIO INFORMASI dalam analisis keragaman genetik lima populasi ikan nila hitam dengan analisis sidik ragam radom amplified polymorphism DNA (RAPD)
apa bio informasi itu dan mengapa di gunakan ??
BIO-INFORMATIKA merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA
GENETIKA ???
PERBAIKAN MUTU genetik untuk meningkatkan produksi dan produktifitas pada ikan nila dapt di lakukan dengan berbagai cara pertama dengan melakukan intoduksi jenis unggul dari luar negara sebagai materi dasar /genetik untuk memperbaiki keragaman iakan lokalkedu dengan melakukan persilangan / hibridasi untuk mendapatkan sifat unggul yang lebih baik dari populasi asal ketiga dengan memanfaatkan keunggulan jenis kelamin jantan keempat denganmelakukan seleksi terhadap karakter penting dan yang kelima DNA recombinat/gene transfer/trasgenetik
Penggunaan ikan nila sebagai komoditas budidaya sebgaian besar wilayah indonesia menyebabkan pengendalian tidak terkontrol dan cenderung terjadi penurunan . penurunan genetik ikan secara umum di tandai dengan sifat sifat seperti pertumbuhan lambat , tingkat kematian tinngi dll Dalam mengatasi hal itu maka di perlukan penyegaran induk ikan nila dan di lakukan persilangan genetiki dan yang kami bahas adalah persilangan genetik dengan random amplified polymmorphism DNA(RAPD)
nahhhh para member kalau mau lebih kompit dan detail bisa klik link di bawah in,,,??Analisi keragaman genetik lima populasi ikan selamat menikmatii dan belajar
BIO-INFORMATIKA merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA
GENETIKA ???
PERBAIKAN MUTU genetik untuk meningkatkan produksi dan produktifitas pada ikan nila dapt di lakukan dengan berbagai cara pertama dengan melakukan intoduksi jenis unggul dari luar negara sebagai materi dasar /genetik untuk memperbaiki keragaman iakan lokalkedu dengan melakukan persilangan / hibridasi untuk mendapatkan sifat unggul yang lebih baik dari populasi asal ketiga dengan memanfaatkan keunggulan jenis kelamin jantan keempat denganmelakukan seleksi terhadap karakter penting dan yang kelima DNA recombinat/gene transfer/trasgenetik
Penggunaan ikan nila sebagai komoditas budidaya sebgaian besar wilayah indonesia menyebabkan pengendalian tidak terkontrol dan cenderung terjadi penurunan . penurunan genetik ikan secara umum di tandai dengan sifat sifat seperti pertumbuhan lambat , tingkat kematian tinngi dll Dalam mengatasi hal itu maka di perlukan penyegaran induk ikan nila dan di lakukan persilangan genetiki dan yang kami bahas adalah persilangan genetik dengan random amplified polymmorphism DNA(RAPD)
nahhhh para member kalau mau lebih kompit dan detail bisa klik link di bawah in,,,??Analisi keragaman genetik lima populasi ikan selamat menikmatii dan belajar
Jumat, 16 Desember 2011
APAKAH SIG DAN PENGINDRAAN JARAK JAUH ITU DAN BAGAMANA MANFAATNYA
PEMANFAATAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PENENTUAN KESESUAIAN LOKASI BUDIDAYA LAUT
DI KEPULAUAN SERIBU
Sistem informasi geografi (SIG) merupakan suatu sistem informasi yang berbasis komputer di rancang untuk bekerja dengan menggunakan data yang memiliki informasi spasial ( bereferensi keruangan) . sistem ini mengcapture, mengecek, menginteregasi, memeanipulasi, menganalisis dan menampilkan data yang secara spasial merenferensikan kepada kondisi bumi. Teknologi SIG menginteregasi oprasi – oprasi umum databes seperti
Terdapat dua jenis data yang dapat digunakan untuk merepresentasikan atau memodelkan fenomena-fenomena yang terdapat di dunia nyata.
– Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspekeruangan, disebut data posisi, koordinat, ruang atau spasial – Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspek
deskriptif, mencakup item dan properties, disebut juga data atribut atau data non-spasial Jenis data keruangan (spasial) digunakan di bidang aplikasi seperti perencanaan dan rekayasa teknik sipil, pemetaan digital,
kartografi, perencanaan kota, arsitektur dll.
• Data spasial sering dipakai oleh sistem CAD (Computer Aided Design), CAC (Computer Assisted Cartografi) dan remote sensing (penginderaan jarak jauh)
Sistem informasi geografis ( Geographic Information System-GIS) adalah suatu teknologi yang menjadi alat bantu (tools) yang sangat esensial dalam menyimpan, menganalisis, memanipulasi dan menampilkan kembali kondisi-kondisi alam dengan bantuan
data atribut dan spasial
Alasan penggunaan SIG
• Efektif dalam membantu proses pembentukan,
pengembangan atau perbaikan peta mental
• Digunakan sebagai alat bantu utama yang interaktif,
menarik dan menantang dalam usaha meningkatkan
pemahaman konsep ruang, lokasi
• Memiliki kemampuan analisis spasial dan non spasial
• Memiliki kemampuan untuk merubah presentasi dalam
berbagai bentuk
• Mampu menguraikan unsur-unsur di bumi kedalam bentuk
beberapa layer atau coverage data spasial (real word &
tiga dimensi)
• Dapat dikustomisasi dengan perintah bahasa skrip
Dari hasil analisa ini diperoleh luas perairan untuk budidaya kerapu menggunakan keramba jaring apung pada masing-masing kelurahan di Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Luas daerah kesesuaian tersebut ditampilkan pada Tabel 2. Berdasarkan luas daerah cukup sesuai, dapat dilihat daerah terluas berada di Kelurahan P. Panggang dan Kelurahan P. Pari. Dari verifikasi di lapangan, saat ini daerah budidaya yang sedang dikembangkan di Kelurahan P. Panggang diantaranya adalah di P. Panggang, P. Semakdaun, Gosong Pramuka. Kemudian di Kelurahan P. Pari terdapat di sekitar gugusan karang P. Pari.
1. Pemanfaatan data penginderaan jauh dan SIG dapat memberikan rekomendasi awal dalam penentuan lokasi yang ideal untuk pengembangan budidaya laut.
2. Berdasarkan analisis kesesuaian diperoleh luas perairan yang cukup sesuai di Kecamatan Kepulauan Seribu Utara seluas 872,2 ha dan wilayah Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan seluas 402,8 ha.
3. Daerah kesesuaian yang diperoleh merupakan kesesuaian fisik perairan. Untuk mendapatkan daerah potensi yang direkomendasikan, masih perlu dianalisis lebih lanjut dengan memasukkan aspek aksesibilitas, infrastuktur, kebijakan wilayah dan aspek konservasi.
4. Analisis parameter biofisik perairan yang dinamis dapat dijadikan informasi tambahan dalam pelaksanaan budidaya. Berdasarkan hasil analisa, waktu yang perlu diperhatikan adalah saat musim barat dan musim peralihan.
Jurnal di atas mempunyai keunggulan :
@ Data primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah data satelit Landsat 7/ETM, data satelit MODIS dan NOAA wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Data sekunder berupa peta rupa bumi, peta laut, peta arus, data pasang surut, gelombang, iklim dan data sosial ekonomi masyarakat Kepulauan Seribu. Untuk kalibrasi dan verifikasi digunakan data kualitas air hasil pengukuran in-situ. Analisis parameter klorofil dilakukan menggunakan data satelit temporal tinggi MODIS untuk melihat kondisi dan waktu yang perlu diperhatikan seperti saat terjadinya fitoplankton bloom. Ekstraksi menggunakan model yang dibangun oleh O’Reilly (1998) dalam Prasasti, et al (2003), yang kemudian akan dikalibrasi dengan data in-situ. Algoritma O’Reilly yang digunakan sebagai berikut
Parameter yang digunakan dalam penentuan daerah kesesuaian adalah parameter biofisik perairan yang penting untuk budidaya, di mana dalam metode penentuannya digunakan referensi dari penelitian-penelitian sebelumnya dengan modifikasi yang disesuaikan dengan karakteristik alam dan lingkungan wilayah Kepulauan Seribu, ketersediaan data dan kemampuan teknologi yang digunakan.
Semua member masih penasaran ni.............??? tentang SIG dan PENGINDRAAN JARAJK JAUH,,<<<<<<<<<<<<<<<<<??????
AYO klik linkk di bawah ini>>>>>
APAKAH SIG DAN PENGINDRAAN JARAK JAUH ITU DAN BAGAMNA MANFAATNYA
PEMANFAATAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PENENTUAN KESESUAIAN LOKASI BUDIDAYA LAUT
DI KEPULAUAN SERIBU
SISTEM INFORMASI GEOGRAFI (SIG) DAN PENGINDRAAN JARAK JAUH APAKAH ITUUUU,,,>>.
Sistem informasi geografi (SIG) merupakan suatu sistem informasi yang berbasis komputer di rancang untuk bekerja dengan menggunakan data yang memiliki informasi spasial ( bereferensi keruangan) . sistem ini mengcapture, mengecek, menginteregasi, memeanipulasi, menganalisis dan menampilkan data yang secara spasial merenferensikan kepada kondisi bumi. Teknologi SIG menginteregasi oprasi – oprasi umum databes seperti
Terdapat dua jenis data yang dapat digunakan untuk merepresentasikan atau memodelkan fenomena-fenomena yang terdapat di dunia nyata.
– Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspekeruangan, disebut data posisi, koordinat, ruang atau spasial – Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspek
deskriptif, mencakup item dan properties, disebut juga data atribut atau data non-spasial Jenis data keruangan (spasial) digunakan di bidang aplikasi seperti perencanaan dan rekayasa teknik sipil, pemetaan digital,
kartografi, perencanaan kota, arsitektur dll.
• Data spasial sering dipakai oleh sistem CAD (Computer Aided Design), CAC (Computer Assisted Cartografi) dan remote sensing (penginderaan jarak jauh)
Sistem informasi geografis ( Geographic Information System-GIS) adalah suatu teknologi yang menjadi alat bantu (tools) yang sangat esensial dalam menyimpan, menganalisis, memanipulasi dan menampilkan kembali kondisi-kondisi alam dengan bantuan
data atribut dan spasial
Alasan penggunaan SIG
• Efektif dalam membantu proses pembentukan,
pengembangan atau perbaikan peta mental
• Digunakan sebagai alat bantu utama yang interaktif,
menarik dan menantang dalam usaha meningkatkan
pemahaman konsep ruang, lokasi
• Memiliki kemampuan analisis spasial dan non spasial
• Memiliki kemampuan untuk merubah presentasi dalam
berbagai bentuk
• Mampu menguraikan unsur-unsur di bumi kedalam bentuk
beberapa layer atau coverage data spasial (real word &
tiga dimensi)
• Dapat dikustomisasi dengan perintah bahasa skrip
Dari hasil analisa ini diperoleh luas perairan untuk budidaya kerapu menggunakan keramba jaring apung pada masing-masing kelurahan di Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Luas daerah kesesuaian tersebut ditampilkan pada Tabel 2. Berdasarkan luas daerah cukup sesuai, dapat dilihat daerah terluas berada di Kelurahan P. Panggang dan Kelurahan P. Pari. Dari verifikasi di lapangan, saat ini daerah budidaya yang sedang dikembangkan di Kelurahan P. Panggang diantaranya adalah di P. Panggang, P. Semakdaun, Gosong Pramuka. Kemudian di Kelurahan P. Pari terdapat di sekitar gugusan karang P. Pari.
1. Pemanfaatan data penginderaan jauh dan SIG dapat memberikan rekomendasi awal dalam penentuan lokasi yang ideal untuk pengembangan budidaya laut.
2. Berdasarkan analisis kesesuaian diperoleh luas perairan yang cukup sesuai di Kecamatan Kepulauan Seribu Utara seluas 872,2 ha dan wilayah Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan seluas 402,8 ha.
3. Daerah kesesuaian yang diperoleh merupakan kesesuaian fisik perairan. Untuk mendapatkan daerah potensi yang direkomendasikan, masih perlu dianalisis lebih lanjut dengan memasukkan aspek aksesibilitas, infrastuktur, kebijakan wilayah dan aspek konservasi.
4. Analisis parameter biofisik perairan yang dinamis dapat dijadikan informasi tambahan dalam pelaksanaan budidaya. Berdasarkan hasil analisa, waktu yang perlu diperhatikan adalah saat musim barat dan musim peralihan.
Jurnal di atas mempunyai keunggulan :
@ Data primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah data satelit Landsat 7/ETM, data satelit MODIS dan NOAA wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Data sekunder berupa peta rupa bumi, peta laut, peta arus, data pasang surut, gelombang, iklim dan data sosial ekonomi masyarakat Kepulauan Seribu. Untuk kalibrasi dan verifikasi digunakan data kualitas air hasil pengukuran in-situ. Analisis parameter klorofil dilakukan menggunakan data satelit temporal tinggi MODIS untuk melihat kondisi dan waktu yang perlu diperhatikan seperti saat terjadinya fitoplankton bloom. Ekstraksi menggunakan model yang dibangun oleh O’Reilly (1998) dalam Prasasti, et al (2003), yang kemudian akan dikalibrasi dengan data in-situ. Algoritma O’Reilly yang digunakan sebagai berikut
Parameter yang digunakan dalam penentuan daerah kesesuaian adalah parameter biofisik perairan yang penting untuk budidaya, di mana dalam metode penentuannya digunakan referensi dari penelitian-penelitian sebelumnya dengan modifikasi yang disesuaikan dengan karakteristik alam dan lingkungan wilayah Kepulauan Seribu, ketersediaan data dan kemampuan teknologi yang digunakan.
Semua member masih penasaran ni.............??? tentang SIG dan PENGINDRAAN JARAJK JAUH,,<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>
DI KEPULAUAN SERIBU
SISTEM INFORMASI GEOGRAFI (SIG) DAN PENGINDRAAN JARAK JAUH APAKAH ITUUUU,,,>>.
Sistem informasi geografi (SIG) merupakan suatu sistem informasi yang berbasis komputer di rancang untuk bekerja dengan menggunakan data yang memiliki informasi spasial ( bereferensi keruangan) . sistem ini mengcapture, mengecek, menginteregasi, memeanipulasi, menganalisis dan menampilkan data yang secara spasial merenferensikan kepada kondisi bumi. Teknologi SIG menginteregasi oprasi – oprasi umum databes seperti
Terdapat dua jenis data yang dapat digunakan untuk merepresentasikan atau memodelkan fenomena-fenomena yang terdapat di dunia nyata.
– Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspekeruangan, disebut data posisi, koordinat, ruang atau spasial – Jenis data yang merepresentasikan aspek-aspek
deskriptif, mencakup item dan properties, disebut juga data atribut atau data non-spasial Jenis data keruangan (spasial) digunakan di bidang aplikasi seperti perencanaan dan rekayasa teknik sipil, pemetaan digital,
kartografi, perencanaan kota, arsitektur dll.
• Data spasial sering dipakai oleh sistem CAD (Computer Aided Design), CAC (Computer Assisted Cartografi) dan remote sensing (penginderaan jarak jauh)
Sistem informasi geografis ( Geographic Information System-GIS) adalah suatu teknologi yang menjadi alat bantu (tools) yang sangat esensial dalam menyimpan, menganalisis, memanipulasi dan menampilkan kembali kondisi-kondisi alam dengan bantuan
data atribut dan spasial
Alasan penggunaan SIG
• Efektif dalam membantu proses pembentukan,
pengembangan atau perbaikan peta mental
• Digunakan sebagai alat bantu utama yang interaktif,
menarik dan menantang dalam usaha meningkatkan
pemahaman konsep ruang, lokasi
• Memiliki kemampuan analisis spasial dan non spasial
• Memiliki kemampuan untuk merubah presentasi dalam
berbagai bentuk
• Mampu menguraikan unsur-unsur di bumi kedalam bentuk
beberapa layer atau coverage data spasial (real word &
tiga dimensi)
• Dapat dikustomisasi dengan perintah bahasa skrip
Dari hasil analisa ini diperoleh luas perairan untuk budidaya kerapu menggunakan keramba jaring apung pada masing-masing kelurahan di Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Luas daerah kesesuaian tersebut ditampilkan pada Tabel 2. Berdasarkan luas daerah cukup sesuai, dapat dilihat daerah terluas berada di Kelurahan P. Panggang dan Kelurahan P. Pari. Dari verifikasi di lapangan, saat ini daerah budidaya yang sedang dikembangkan di Kelurahan P. Panggang diantaranya adalah di P. Panggang, P. Semakdaun, Gosong Pramuka. Kemudian di Kelurahan P. Pari terdapat di sekitar gugusan karang P. Pari.
1. Pemanfaatan data penginderaan jauh dan SIG dapat memberikan rekomendasi awal dalam penentuan lokasi yang ideal untuk pengembangan budidaya laut.
2. Berdasarkan analisis kesesuaian diperoleh luas perairan yang cukup sesuai di Kecamatan Kepulauan Seribu Utara seluas 872,2 ha dan wilayah Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan seluas 402,8 ha.
3. Daerah kesesuaian yang diperoleh merupakan kesesuaian fisik perairan. Untuk mendapatkan daerah potensi yang direkomendasikan, masih perlu dianalisis lebih lanjut dengan memasukkan aspek aksesibilitas, infrastuktur, kebijakan wilayah dan aspek konservasi.
4. Analisis parameter biofisik perairan yang dinamis dapat dijadikan informasi tambahan dalam pelaksanaan budidaya. Berdasarkan hasil analisa, waktu yang perlu diperhatikan adalah saat musim barat dan musim peralihan.
Jurnal di atas mempunyai keunggulan :
@ Data primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah data satelit Landsat 7/ETM, data satelit MODIS dan NOAA wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Data sekunder berupa peta rupa bumi, peta laut, peta arus, data pasang surut, gelombang, iklim dan data sosial ekonomi masyarakat Kepulauan Seribu. Untuk kalibrasi dan verifikasi digunakan data kualitas air hasil pengukuran in-situ. Analisis parameter klorofil dilakukan menggunakan data satelit temporal tinggi MODIS untuk melihat kondisi dan waktu yang perlu diperhatikan seperti saat terjadinya fitoplankton bloom. Ekstraksi menggunakan model yang dibangun oleh O’Reilly (1998) dalam Prasasti, et al (2003), yang kemudian akan dikalibrasi dengan data in-situ. Algoritma O’Reilly yang digunakan sebagai berikut
Parameter yang digunakan dalam penentuan daerah kesesuaian adalah parameter biofisik perairan yang penting untuk budidaya, di mana dalam metode penentuannya digunakan referensi dari penelitian-penelitian sebelumnya dengan modifikasi yang disesuaikan dengan karakteristik alam dan lingkungan wilayah Kepulauan Seribu, ketersediaan data dan kemampuan teknologi yang digunakan.
Semua member masih penasaran ni.............??? tentang SIG dan PENGINDRAAN JARAJK JAUH,,<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>
Sabtu, 19 November 2011
Teknologi Bioflok sebagai alternatif informasi budidaya perikanan
Bioflok Teknologi sebagai alternatif informasi budidaya
Bioteknologi merupakan penggunaan sistem biologi atau organisme hidup dalam proses produksi. Bioteknologi memiliki cakupan manfaat yang luas bagi dunia perikanan dan budidaya ikan. Manfaat tersebut diantaranya, meningkatkan tingkat pertumbuhan ikan budidaya, meningkatkan nilai gizi pada pakan ikan,
meningkatkan kesehatan ikan, membantu memperbaiki dan melindungi lingkungan, memperluas cakupan jenis ikan, meningkatkan pengelolaan dan konservasi ketersediaan benih di alam.
Ciri utama bioteknologi adalah :1) adanya benda biologi berupa mikroba, tumbuhan atau hewan; 2) adanya pendayagunaan secara teknologi dan industri; dan 3) produk yang dihasilkan adalah hasil ekstraksi dan pemurnian.
Apa dan Bagaimana
1. Bioflok sebagai Salah Satu Alternative Budidaya
Tantangan yang dihadapi oleh para praktisi budidaya adalah :
1.Terus menurunkan biaya pakan, karena pakan mempresentasikan biaya operasional terbesar dalam budidaya intensif( biasanya 50%)
1. Meningkatkan efisiensi konversi pakan
2. Meminimalkan pengaruh negatif terhadap lingkungan
Pakan biasanya dipandang sebagai sumber polutan terbesar dalam budidaya, karena ikan atau udang hanya mampu memanfaatkan protein pakan sekitar 25%, sehingga dibutuhkan protein tinggi untuk mengkompensasi pemanfaatan protein yang rendah tsb. Pakan formulasi seringkali hanya ditujukan untuk kepentingan hewan target (ikan atau udang yang dipelihara), satu factor yang sering diabaikan adalah kontribusi nutrisional terhadap lingkungan. Di sistem air deras, kontribusinya mungkin dapat diabaikan. Tetapi disistem intensif dengan sedikit atau tanpa ganti air dan bermuatan organic yang berat, seperti petak udang atau ikan nila, pengaruhnya sangat substansial. Oleh karena itu, masalah yang sering muncul berhubungan dengan intensifikasi budidaya adalah akumulasi ammonia di air sebagai produk akhir metabolisme yang utama dari katabolisme protein/de-aminasi protein.
2. Bagaimana membentuk Bioflok?
Aerasi & Pengadukan
Di system budidaya, kandungan oksigen di air lebih dipengaruhi oleh aktifitas alga dan bakteri daripada species budidaya. Karena dalam sistem ini petambak menurunkan atau tanpa ganti air, akibatnya terjadi akumulasi suspensi bahan organic dan bakteri yang lebih tinggi di kolam. Sebagai akibatnya, BOD meningkat dan oleh karena itu laju aerasi harus ditingkatkan.
Di samping untuk oksigenasi, aerator harus mampu menciptakan pengadukan yang cukup untuk mencegah zone sedimentasi kotoran anaerob Sedimen anaerobic akan menghasilkan produk buangan toksik seperti nitrit dan H2S. Apalagi untuk system air laut, dimana kelimpahan sulfat mendukung produksi H2S dibawah kondisi anaerobik.
Rasio C:N
Bakteri heterotrof mempunyai kemampuan yang luar biasa untuk mensintesa protein dari karbon organic dan ammonia. Oleh karena itu, sangat krusial bahwa C:N harus sesuai untuk pemanfaatan bakteri. Biasanya pakan regular untuk udang berprotein tinggi setidaknya 35% dengan C:N rasio rendah sekitar 9:1, sementara bakteri membutuhkan 20 unit karbon per unit nitrogen yang diasimilasikan. C:N rasio bisa ditingkatkan dengan memberikan pakan berprotein rendah (prosentase karbohidrat tinggi) atau dengan penambahan sumber karbohidrat seperti tetes. Oleh karena itu salah satu tantangan dalam sistem ini adalah mendesain pakan yang bisa dimanfaatkan oleh organisme budidaya (udang) dan juga oleh komunitas mikrobial.
C:N rasio di bakteri hanya 4-5, tetapi hanya mengasimilasi 40% sehingga memerlukan rasio C:N > 12.5 Lebih baik jika rasio C:N rasio meningkat hingga 15-25:1 (= level protein < 25%) sumber http://www.indonesianaquaculture.com/showthread.php/32-Bioflok-Teknologi-Apa-dan-Bagaimana-!!!
Bioteknologi merupakan penggunaan sistem biologi atau organisme hidup dalam proses produksi. Bioteknologi memiliki cakupan manfaat yang luas bagi dunia perikanan dan budidaya ikan. Manfaat tersebut diantaranya, meningkatkan tingkat pertumbuhan ikan budidaya, meningkatkan nilai gizi pada pakan ikan,
meningkatkan kesehatan ikan, membantu memperbaiki dan melindungi lingkungan, memperluas cakupan jenis ikan, meningkatkan pengelolaan dan konservasi ketersediaan benih di alam.
Ciri utama bioteknologi adalah :1) adanya benda biologi berupa mikroba, tumbuhan atau hewan; 2) adanya pendayagunaan secara teknologi dan industri; dan 3) produk yang dihasilkan adalah hasil ekstraksi dan pemurnian.
Apa dan Bagaimana
1. Bioflok sebagai Salah Satu Alternative Budidaya
Tantangan yang dihadapi oleh para praktisi budidaya adalah :
1.Terus menurunkan biaya pakan, karena pakan mempresentasikan biaya operasional terbesar dalam budidaya intensif( biasanya 50%)
1. Meningkatkan efisiensi konversi pakan
2. Meminimalkan pengaruh negatif terhadap lingkungan
Pakan biasanya dipandang sebagai sumber polutan terbesar dalam budidaya, karena ikan atau udang hanya mampu memanfaatkan protein pakan sekitar 25%, sehingga dibutuhkan protein tinggi untuk mengkompensasi pemanfaatan protein yang rendah tsb. Pakan formulasi seringkali hanya ditujukan untuk kepentingan hewan target (ikan atau udang yang dipelihara), satu factor yang sering diabaikan adalah kontribusi nutrisional terhadap lingkungan. Di sistem air deras, kontribusinya mungkin dapat diabaikan. Tetapi disistem intensif dengan sedikit atau tanpa ganti air dan bermuatan organic yang berat, seperti petak udang atau ikan nila, pengaruhnya sangat substansial. Oleh karena itu, masalah yang sering muncul berhubungan dengan intensifikasi budidaya adalah akumulasi ammonia di air sebagai produk akhir metabolisme yang utama dari katabolisme protein/de-aminasi protein.
2. Bagaimana membentuk Bioflok?
Aerasi & Pengadukan
Di system budidaya, kandungan oksigen di air lebih dipengaruhi oleh aktifitas alga dan bakteri daripada species budidaya. Karena dalam sistem ini petambak menurunkan atau tanpa ganti air, akibatnya terjadi akumulasi suspensi bahan organic dan bakteri yang lebih tinggi di kolam. Sebagai akibatnya, BOD meningkat dan oleh karena itu laju aerasi harus ditingkatkan.
Di samping untuk oksigenasi, aerator harus mampu menciptakan pengadukan yang cukup untuk mencegah zone sedimentasi kotoran anaerob Sedimen anaerobic akan menghasilkan produk buangan toksik seperti nitrit dan H2S. Apalagi untuk system air laut, dimana kelimpahan sulfat mendukung produksi H2S dibawah kondisi anaerobik.
Rasio C:N
Bakteri heterotrof mempunyai kemampuan yang luar biasa untuk mensintesa protein dari karbon organic dan ammonia. Oleh karena itu, sangat krusial bahwa C:N harus sesuai untuk pemanfaatan bakteri. Biasanya pakan regular untuk udang berprotein tinggi setidaknya 35% dengan C:N rasio rendah sekitar 9:1, sementara bakteri membutuhkan 20 unit karbon per unit nitrogen yang diasimilasikan. C:N rasio bisa ditingkatkan dengan memberikan pakan berprotein rendah (prosentase karbohidrat tinggi) atau dengan penambahan sumber karbohidrat seperti tetes. Oleh karena itu salah satu tantangan dalam sistem ini adalah mendesain pakan yang bisa dimanfaatkan oleh organisme budidaya (udang) dan juga oleh komunitas mikrobial.
C:N rasio di bakteri hanya 4-5, tetapi hanya mengasimilasi 40% sehingga memerlukan rasio C:N > 12.5 Lebih baik jika rasio C:N rasio meningkat hingga 15-25:1 (= level protein < 25%) sumber http://www.indonesianaquaculture.com/showthread.php/32-Bioflok-Teknologi-Apa-dan-Bagaimana-!!!
Minggu, 06 November 2011
NATIONAL CENTER FOR BIOTEKNOLOGY INFORMASI
NATIONAL CENTER FOR BIOTEKNOLOGY INFORMASI
ersangkutan. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan de
ngan Perkembangan TI itu sendiri dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang bio Penetrasi Teknologi Informasi (TI) dalam berbagai disiplin ilmu telah melipatgandakan perkembangan ilmu yang bersangkutan. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI itu sendiri dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika. Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.
National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Para NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.
NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).
Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA sejak 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) .
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme.
Para NCBI memiliki alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Rak Buku pada NCBI adalah kumpulan tersedia secara bebas, download, on-line versi buku biomedis yang dipilih. Sejak April 2011, Rak Buku telah ada 845 judul yang meliputi berbagai topik termasuk biologi molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi, menyatakan penyakit dari titik molekuler dan seluler pandang, metode penelitian, dan virologi. Beberapa buku adalah versi online dari buku yang diterbitkan sebelumnya, sementara yang lain, seperti Coffee Break (buku), yang ditulis dan diedit oleh NCBI staf. Bookshelf adalah pelengkap repositori Entrez PubMed peer-review abstrak publikasi dalam bahwa isi Bookshelf memberikan perspektif didirikan pada bidang berkembang studi dan konteks di mana banyak potongan individu yang berbeda dari penelitian yang dilaporkan dapat diatur.
NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).
Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA sejak 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) .
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme.
Para NCBI memiliki alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Rak Buku pada NCBI adalah kumpulan tersedia secara bebas, download, on-line versi buku biomedis yang dipilih. Sejak April 2011, Rak Buku telah ada 845 judul yang meliputi berbagai topik termasuk biologi molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi, menyatakan penyakit dari titik molekuler dan seluler pandang, metode penelitian, dan virologi. Beberapa buku adalah versi online dari buku yang diterbitkan sebelumnya, sementara yang lain, seperti Coffee Break (buku), yang ditulis dan diedit oleh NCBI staf. Bookshelf adalah pelengkap repositori Entrez PubMed peer-review abstrak publikasi dalam bahwa isi Bookshelf memberikan perspektif didirikan pada bidang berkembang studi dan konteks di mana banyak potongan individu yang berbeda dari penelitian yang dilaporkan dapat diatur.
Kajian baru Bioinformatika ini tak lepas dari perkembangan biologi molekul modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom, yaitu cetak biru informasi genetik yang menentukan sifat setiap makhluk hidup yang disandi dalam bentuk pita molekul DNA (asam deoksiribonukleat). Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh TI melalui perangkat perangkat keras maupun lunak. Hal ini bisa dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan TI sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun), dibanding usaha konsorsium lembaga riset publik AS, Eropa, dan lain-lain, yang memakan waktu lebih dari 10 tahun.
Di dalam ensiklopedi Microsoft Encarta (2006) disebutkan bahwa proyek besar yang berusaha mengungkap tabir genom manusia yaitu Human Genom Project (HGP) telah menghasilkan urutan genom manusia. Urutan genom manusia yang lengkap ini telah menghasilkan suatu katalog sekitar 20.000 sampai 25.000 gen manusia, peta kromosom beresolusi tinggi, beratus ribu hal yang menonjol serta milyaran informasi pasangan basa urutan DNA. Sudah menjadi kebutuhan yang sangat mendesak untuk menampung banjirnya informasi dan data yang sangat bermanfaat ini sekaligus juga mudah dan cepat untuk mengaksesnya. Untuk itu sistem manajemen informasi laboratorium, yang bersifat otomatis, sistem manajemen database, dan alat penghubung pemakai grafis merupakan perkakas komputasi yang diperlukan untuk membantu peneliti genom adalah sesuatu yang sangat dibutuhkan.
Kelahiran Bioinformatika modern tak lepas dari perkembangan bioteknologi di era tahun 70-an, di mana seorang ilmuwan AS melakukan inovasi dalam mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah perusahaan bioteknologi pertama di dunia, yaitu Genentech di AS, yang kemudian memproduksi protein hormon insulin dalam bakteri, yang dibutuhkan penderita diabetes.
Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan pada manipulasi DNA. Rantai/sekuen DNA yang mengkode protein disebut gen. Sekuen DNA satu organisme, yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen, berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Di Indonesia, ada Lembaga Biologi Molekul Eijkman yang terletak di Jakarta. Di sini kita bisa membaca sekuen sekitar 500 nukleotida hanya dengan membayar $15. Kecenderungan yang sama juga nampak pada database lain seperti databasesekuen asam amino penyusun protein, database struktur 3D protein, dan sebagainya. Inovasi teknologi DNA chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix di Silicon Valley telah mendorong munculnyadatabase baru mengenai RNA.
Desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein inilah yang semakin memacu perkembangan kajian Bioinformatika. Mengingat perkembangan ilmu pengetahuan yang sudah demikian pesat serta didukung dengan sistem informasi yang sudah sangat maju, maka dirasa perlu dan sudah waktunya memperkenalkan bioinformatika ke dalam kurikulum biologi.
A. Pengertian dan Ruang Lingkup Bioinformatika
Memahami kebisuan alam tetapi dengan bahasa yang elegan dari kehidupan sel merupakan penyelidikan biologi melekuler modern. Hanya dengan menggunakan empat huruf yang mewakili subunit kimia DNA memunculkan sebuah urutan proses kehidupan yang mempunyai ekspresi paling kompleks yaitu manusia. Penjelasan dan penggunaan alfabet ini untuk membentuk kata atau ucapan merupakan fokus sentral pada bidang biologi molekuler. Data molekuler yang mengejutkan dan ketidakjelasan polanya telah menyebabkan munculnya permintaan mutlak komputerisasi database dan alat bantu analisis. Tantangan berikutnya adalah menemukan pendekatan baru untuk memperlakukan banyak dan kompleksitas data tersebut, serta dalam menyediakannya bagi peneliti dengan akses yang lebih baik untuk menghitung dan alat bantu analisis dalam rangka mengembangkan pemahaman pustaka genetik dan perannya dalam kesehatan dan penyakit. (Kutipan pengantar pada situs National Center for Biotechonology Information (NCBI) yang diakses melalui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ).
Dalam ensiklopedi Wikipedia (2011) disebutkan bahwa Bioinformatikaadalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis . Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika , statistika , dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi data base untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA , analisisfilogenetik , dan analisis ekspresi gen .
Aprijani dan Elfaizi (2004) menyatakan bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin biologi molekul, matematika dan teknonologi informasi (TI). Ilmu ini didefinisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisis untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi molekul. Biologi molekul sendiri juga merupakan bidang interdisipliner, mempelajari kehidupan dalam level molekul. Utama (2003) menyatakan bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkul berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, yang kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.
Sedangkan menurut Tekaia (2004, dalam Aprijani dan Elfaizi (2004) bioinformatika merupakan metode matematika, statistik dan komputasi yang bertujuan untuk menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan asam amino dan informasi-informasi yang terkait dengannya.
Sedikit usaha statistik telah mendatangkan banyak kegembiraan, harapan, keprihatinan, kejutan, rasa keingintahuan, antusiasme, dan data yaituHuman Genome Project (HGP). Bidang kajian baru yang muncul dengan nama baru karena terinspirasi oleh HGP antara lain: Genomik, Farmakogenomik, Bioinformatika. Tulisan William Safire di New York Times Sunday Magazine (18 Feb 2001) mencantumkan sebuah judul dengan kata tunggal ”Proteomik”. Selamat datang di dunia ”informasi” yang berkelanjutan yang sarat muatan.
Menurut Aprijani dan Elfaizi (2004) terdapat beberapa cabang ilmu yang terkait dengan bioinformatika. Cabang-cabang tersebut antara lain: Biofisik,Computational Biology, Medical Infromatics, Cheminformatics, Genomics, Mathematical Biology, Proteomics, Pharmacogenomics, sertaPharmacogenetics. Dengan adanya gambaran bahwa Bionformatika terkait dengan bidang-bidang ilmu yang lain memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan.
B. Memperkenalkan Bioinformatika dalam Kurikulum Biologi
Salah satu tugas pendidik adalah membuat siswa mengenali gagasan-gagasan, konsep-konsep, fakta-fakta, interpretasi baru beserta implikasinya. Demikian pula dalam bioinformatika ini, bagaimana kita memperkenalkan informasi baru ini ke dalam sebuah silabus pelajaran? Bagian materi yang manakah yang akan kita hilangkan untuk menyediakan ruang bagi materi baru? Dari sisi paedagogi pendidikan perlu untuk mengurangi sesuatu yang menunjukkan signal akan hilang tak terpakai. Apakah program baru tersebut, paket pelajaran atau modul yang akan kita konstruksi untuk menangani beberapa materi baru sehingga bermanfaat bagai mereka? Dalam hal ini program baru yang kita kenalkan kepada anak didik kita tidak hanya masuk telinga kiri dan keluar dari telinga kanan, melainkan benar-benar menimbulkan bekas di benak meraka.
HGP menyediakan banyak peluang untuk memanfaatkan dan memodifikasi isi paket pelajaran yang ada dengan lebih mudah. Ketika membicarakan tentang keterbatasan ilmu dan teknologi, HGP menyediakan beberapa contoh perubahan peran kemapanan, ketepatan instrumen dan beragam tekanan seperti, undang-undang, politik dan ekonomi. Perbedaan antara ilmu pengetahuan yang besar dengan ilmu pengetahuan yang kecil dapat digambarkan dengan seberapa banyak perhatian yang tercurah untuknya. Hal ini akan tampak bahwa pemahaman kita terhadap hipotesis tersebut diterima atau ditolak, terbukti atau tidak terbukti dapat dicontohkan dengan realisasi bahwa sebuah gen paling mungkin mengkode untuk lebih dari satu polipeptida.
Susan Offner beberapa tahun telah menyajikan workshop menggunakan peta kromosom pada konvensi NABT. Beberapa artikelnya telah dimuat di ABT. Artikelnya yang paling baru adalah ”Sebuah Peta Daratan Inggris dari Enzim Glikolisis Manusia” dimuat pada rubrik isu edisi Juni 1999.
Implikasi bioetik dari informasi ini muncul dari proyek yang menghasilkan peluang untuk menyediakan paket pelajaran atau modul baru di dalam paket pelajaran yang sudah ada. Beberapa peluang dan implikasi ini tampak pada gambar berikut (lihat gambar 1 & 2). Sebuah cerita sejarah bergambar yang bagus dari HGP dapat ditemukan dihttp://www.sciencemag.org/genome2001/1195.html .
Fokus utama dari artikel ini adalah untuk menggambarkan sebuah rangkaian dari desain modul yang saling berkaitan untuk mengenalkan siswa kepada teknik-teknik biologi modern dalam wilayah bioinformatika. Seperti uraian di atas bahwa bioinformatika adalah aplikasi dari teknologi komputer untuk mengelola informasi biologi. Munculnya bioinformatika merupakan kebutuhan mendesak akibat dari ledakan publikasi genom yang tersedia saat ini, misalnya seperti yang dihasilkan dari HGP.
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) di situshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/ , telah didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. NCBI adalah sebuah lembaga maya yang sangat berguna untuk menyediakan sekaligus tempat untuk menelusuri informasi berharga. Beberapa database yang tersedia di NCBI dan dapat dipertanggungjawabkan meliputi database bank gen skuens DNA yang mengandung lebih dari 9.103.000 skuens nukleotida yang tercatat pada Oktober 2000, database model molekuler (Molecular Modeling Database = MMDB) yang terdiri dari struktur tiga dimensi protein sebagai alat bantu visualisasi dan analisis perbandingan, serta database pola pewarisan mendel pada manusia (Online Mendelian Inheritance in Man = OMIM) yang merupakan katalog bagi kelainan gen dan genetik pada manusia.
Keuntungan yang diperoleh baik oleh guru maupun siswa adalah bahwa NCBI telah mengembangkan sebuah cara yang sederhana untuk menganalisis dan mengakses semua informasi ini. ”Entrez” adalah sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Keuntungan sistem ini adalah bahwa semua database ini saling berhubungan satu dengan yang lain seperti terlihat pada gambar 3. Sebuah kemungkinan mengakses dengan mudah sekuens protein, memperoleh literatur protein tersebut, pengujian secara klinik terhadap kelainan protein yang diperoleh dari penyakit cacat, dan menganalisis lokasi gen pada kromosom, semuanya dapat dilakukan dengan klik pada sebuah tombol. Hal ini merupakan sebuah cara yang yang tersedia di NCBI yang sangat berguna untuk memulai menganalisis sejumlah informasi yang tidak masuk akal.
Dengan melengkapi proyek ini, siswa akan diarahkan pada alat dandatabase yang sekarang ini digunakan oleh para peneliti dalam biologi molekuler, dan akan memperoleh pemahaman yang lebih baik tentang analisis gen, dan hubungan antara urutan asam amino dengan struktur dan fungsi protein. Dalam mengerjakan modeul ini siswa tidak dituntut untuk mempunyai keterampilan pemrograman komputer hanya saja siswa diasumsikan sudah kenal dengan PC dan internet. Program utama yang dibutuhkan adalahinternet browser misalnya Nestcape Navigator atau Internet Explorer. Untuk beberapa modul siswa juga membutuhkan sebuah program untuk melihat model molekuler seperti misalnya program RasMol, yang tersedia secara gratis dan dapat di-download darihttp://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm . Siswa juga harus menyediakan alat penyimpan data seperti disket berukuran 3,5” atau flash disc yang digunakan untuk menyimpan sebuah file protein. Tujuh modul telah dihasilkan dan saat ini digunakan oleh mahasiswa di kelas Biologi Sel pada Universitas Negeri Armstrong Atlantic. Tiga dari modul tersebut tersedia dalam artikel ini. Sisanya mungkin dapat diperoleh dengan menghubungi penulisnya atau mengakses melalui web site yang tersedia melalui situs http://www.angelfire.com/ga2/nestsite2/bioinform.html . Modul ini dibuat sama bentuknya seperti yang disediakan untuk siswa.
.
a. Modul 2. OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man (hukum Mendel pada manusia secara Online)
Pilih OMIM pada Homepage NCBI. Database ini adalah sebuah katalog gen-gen manusia dan kelainan genetik yang difokuskan pada penyakit menurun. Kekuatan pada alat ini adalah bahwa hal itu akan memungkinkan kita belajar lebih baik tentang suatu penyakit klinis serta bagaimana kemungkinan penyakit tersebut di tularkan dari orang tua kepada keturunannya.
Awali dengan mencari OMIM untuk “hypercholesterolemia” satu dari kelainan genetik yang paling umum, dan dicirikan oleh peningkatan ikatan kolesterol untuk LDL (low density lipoprotein). Walaupun beberapa masukan muncul pilih satu saja yang berlabel “143890 HYPERCHELESTEROLEMIA, FAMILIAL”.
Anda akan dihubungkan dengan halaman yang mengandung analisis genetik dan deskripsi detil dari hypercheolesterolemia yang berhubungan dengan keluarga yang disebabkan oleh mutasi pada gen reseptor LDL. Telusuri halaman ini atau pilih pada sisi paling kiri dari layar [misalnya corak klinis (clinical features), cytogenetics, genetika populasi (population genetics)] lalu jawab pertanyaan berikut ini. Sebuah versi singkat halaman ini tersedia pada “MINI-MIM” dan “Clinical synopsis” yang berada pada bagian lebih sebelah kiri dari halaman ini.
1. Pada kromosom yang mana gen reseptor LDL ditemukan?
2. Sebagai tambahan, untuk meningkatnya kolesterol serum penyakit lain apa yang diderita oleh penderita penyakit ini?
3. Apakah hubungan antara reseptor LDL dengan virus hepatitis C?
4. Berapa frekwensi gen heterozygot hypercholesterolemia familial dalam populasi?
5. Dalam istilah penyakit arteri koronaria, pada usia berapa gen heterozygot menunjukkan gejala penyakit ini? Serta pada usia berapa gejala yang muncul pada gen yang homozygot?
6. Tipe binatang apakah yang masih ada yang memungkinkan ilmuwan mempelajari lebih jauh tentang penyakit ini?
b. Modul 4. PubMed pada Perpustakaan Obat Nasional
MEDLINE adalah database blibiographi Perpustakaan Obat Nasional (National Library of Medcine = NLM). PubMed adalah pelayanan pencarian Perpustakaan Obat Nasional yang menyediakan akses untuk lebih dari 11 juta kutipan dalam MEDLINE yang berhubungan dengan jurnal-jurnal online yang berkaitan. Beberapa artikel full-text dihubungkan secara langsung dengan database. PubMed memungkinkan kita mencari referensi medis dan ilmiah secara mudah. Memulai membuka homepage PubMed dari situs NCBI dengan meng-klik pilihan ”PubMed” pada bagian atas kiri dari halaman ini. Sekali anda berada pada home page PubMed anda ingin mencari hal-hal khusus untuk dengan mudah mengeliminasi artikel-artikel ilmiah yang tidak berkaitan. Jika kita ingin artikel-artikel khusus tentang sesuatu misalnya tentang lalat buah (fruit flies) cara yang paling mudah adalah dengan mengetikkan nama ilmiah dari lalat buah. Untuk menemukan nama ilmiah dari lalat buah anda harus mengunjungi home page Taxonomy dan mencari lalat buah (fruit fly). Di sini anda akan menemukan nama genus dan species yang umum dari lalat buah.
1. Apa nama ilmiah (genus dan species) dari lalat buah? Jika anda mengetahui nama genus, anda boleh mengetiknya dalam PubMed. Akan muncul 34.000 artikel ketika anda mencarinya di PubMed menggunakan nama genus (akses pada 1 Januari 2001) yang kebanyakan berupa abstrak artikel saja yang tersedia. Hal ini sangat banyak untuk melihat semua artikel ini. Tentunya anda harus menentukan pilihan yang spesifik. Lalu bagaimana mencari hal khusus tentang lalat buah? Seuah gen baru (disingkat Indy) saat ini telah dipelajari dan telah menunjukkan penambahan rentang hidup. Cobalah untuk mencari nama genus dan genIndy sebagai berikut: ”(genus) AND Indy”. Setidaknya sebuah paper akan muncul dengan nama genus dan kata Indy beberapa tempat dengan judul atau abstrak.
2. Apakah judul artikel yang ditulis oleh Rogina B, Reenan RA, Nilsen SP, dan Helfand SL? Klik pada artikel ini untuk menghubungkannya dengan abstrak artikel jurnal ilmiah mutakhir ini.
3. Kapan gen tunggal lalat buah telah bermutasi, pendekatannya dengan berapa kali lebih lama lalat buah hidup, bandingkan dengan lalat buah yang tidak bermutasi?
4. Kemungkinan apa yang penulis kemukakan tentang mekanisme bertambahnya rentang hidup lalat buah?
Bayangkan implikasinya bahwa gen ini adalah jika sebuah versi gen yang telah ditemukan dalam genom manusia. Apa yang akan kita butuhkan untuk mengerjakan sesuatu di masa yang akan datang untuk mengorganisasi sebuah pencarian genom manusia untuk homologi atau hubungan evolusioner dengan gen lalat buah ini.
c. Modul 6. Gen dan Penyakit
Lokasi dari beberapa gen yang terlibat dalam penyakit manusia dapat diidentifikasi dengan sebuah langkah cepat berkat adanya Human Genome Project. Untuk menguji lebih jauh hubungkan dengan web site NCBI dan pilih icon ”Genes and Disease (Gen dan Penyakit)” di bagian bawah kanan kolom yang berlabel ”Hot Spots”. Anda sekarang telah masuk bagian dari NCBI yang memperlihatkan hubungan antara 24 kromosom manusia (22 autosom dan 2 kromosom seks) dan penyakit genetis. Pada sisi kiri dari halaman ini terdapat beberapa kategori penyakit genetis. Sebagai contoh misalnya pilih ”transporters” bada bagian kanan bawah untuk mempelajari tentang penyakit genetis yang melibatkan protein carier membran dan protein chanel. Seanjutnya pilihlah ”cystic fibrosis” pada bagian sebelah kiri atas halaman ini untuk mempelajari lebih jauh tentang penyakit genetik yang paling fatal di Amerika. Untuk kromosom yang mempunyai gen CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductane regulator) telah dilokalisasi.
Perhatian bahwa sejumlah database lain (seperti PubMed, OMIM) telah dihubungkan dengan halaman ini. Masing-masing dari link ini akan menjelaskan pada anda secara lebih tentang cystic fibrosis, misalnya literatur ilmiah pada penurunan protein dan manifestasi klinik dari penyakit ini. Kembali kepada halaman utama ”Gen dan Penyakit (Genes and Disease)”.
Pada bagian atas dari halaman ini, pilihlah kromosom individu untuk gen manusia CFTR yang dilokalisasi. Apa yang ditunjukkan kemudian adalah seperangkat kromosom yang gen-gennya telah teridentifikasi perannya dalam penyakit manusia. Klik pada masing-masing penyakit yang menarik untuk mendapatkan informasinya yang jelas. Sebagai contoh, PENDRED SYNDROME adalah kelainan menurun yang terjadi 10% dari tuli turunan dan gen penyebab kelainan ini juga dilokalisasi dalam kromosom ini. Selanjutnya pilihlah gen OB.
1. Apa peran leptin di dalam tubuh?
2. Apakah semua kasus obesitas merupakan hasil mutasi gen ini?
3. Apa saja hal-hal lain yang menyebabkan obesitas?
Beberapa penyakit genetik lain telah ditemukan lokasinya dalam kromosom manusia dengan baik. Nikmati kebebasan menjelajahi kromosom lain dan kelainan genetik yang ditemukan di dalam kromosom itu.
Gambar 13. Kromosom no. 7 tempat gen penyebab cystic fibrosis ternyata juga terdapat gen penyebab penyakit yang lain
Tiga modul ini akan menyediakan gagasan bagaimana pengembangan sumber daya nasional akan digunakan. Empat modul lain meliputi:
1. Taxonomy, yang menjelajahi garis keturunan dan mengenalkan urutan data dari beberapa juta species berbeda yang ada di bumi yang meliputi organisme punah seperti manusia Neanderthal, kucingsabertooted dan mammoth wool.
3. Analisis protein, yang mengenalkan hubungan antara mRNA dan protein-protein, serta memungkinkan siswa untuk menjelajahi karakter protein antipembekuan darah yang diisolasi dari kelenjar ludah nyamuk.
5. Kemelimpahan untuk Homologi Protein, yang memperkenalkan siswa kepada hubungan evolusioner protein dari species-species yang berbeda-beda serta memungkinkan siswa mencari database protein manusia yang homolog dengan protein lalat buah yang menunjukkan penambahan rentang hidup dari serangga ini.
7. Struktur dan Visualisasi molekuler, dimana siswa diperkenalkan dengan konsep-konsep dasar struktur protein. Glikoprotein dari virus ebola digunakan sebagai contoh untuk menunjukkan ikatan H, ikatan disulfida sebagaimana empat tingkat organisasi struktur protein.
Dalam sebuah editorial tamu dalam ABT, sejumlah alasan disebutkan bagaimana pentingnya siswa dan masyarakat umum memahami Human Genome Project serta implikasi dan keterbatasannya (Jegalian, 2000). Pertama yang dibutuhkan bagi siswa untuk mengetahui bagaimana boomingpenelitian dalam molekuler biologi dan kedokteran sehingga mereka dapat mempunyai kesempatan untuk menjadi peneliti bagi mereka sendiri. Kami yakin bahwa modul-modul ini adalah langkah pertama untuk rangkaian tersebut.
Simpulan
Dari uraian di atas dapat dibuat simpulan sebagai berikut:
1. Bioinformatika adalah teknologi pengumpulan, penyimpanan, analisis, interpretasi, penyebaran dan aplikasi dari data-data biologi molekul. Perangkat utama Bioinformatika adalah software dan didukung oleh kesediaan internet dan server World Wide Web (WWW). Cabang-cabang yang berkaitan dengan bioinformatika antara lain: biofisik,Computational biology, medical informatics, Cheminformatics, Genomics, Mathematical biology, proteomics, Pharmacogenomics, sertaPharmacogenetic.
2. Salah satu cara untuk mengenalkan bioinformatika kepada siswa dalam kurikulum biologi adalah dengan menggunakan modul.
3. Tujuan memperkenalkan bioinformatika kepada siswa adalah memmbuka wawasan siswa bahwa saat ini telah terjadi banjir data dan informasi yang berkaitan dengan penelitian yang berbasis biologi molekuler serta memberi kesempatan kepada mereka untuk menjadi peneliti.
Daftar Pustaka
Aprijani, D.A. dan Elfaizi, M.A. 2004. Bioinformatika: Perkembangan, Disiplin Ilmu dan Perkembangannya di Indonesia.
Bloom, M. 2001. Biology in silico: The Bioinformatics Revolution. The American Biology Teacher.
Ensiklopedi Microsoft Encarta. 2006. Human Genom Project. Microsoft Corporation.
Ensiklopedi Wikipedia. 2011. Bioinformatika. diakses melaluihttp://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika pada 1 November 2011
Smith, T.M. dan Emmeluth, 2002. D.S. Introducing Bioinformatics Into the Biology Curriculum: Exploring the National Center for Biotechnology Information. The American Biology Teacher. Volume 64. No.2 February 2002.
Utama, A. 2003. Peranan Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran. Artikel Populer Ilmu Komputer diakses melalui http://www.Ilmukomputer.com pada tanggal 1 April 2011
Langganan:
Postingan (Atom)